سیکلودکسترین ها الیگوساکاریدهای حلقوی متشکل از 6، 7 یا 8 واحد گلوکوپیرانوز هستند که معمولاً به ترتیب به عنوان -، - یا -سیکلودکسترین نامیده می شوند. این ترکیبات دارای ساختارهای دوناتی شکل سفت و سختی هستند که آنها را به عوامل کمپلکس کننده طبیعی تبدیل می کند. ساختار منحصر به فرد این ترکیبات، پایداری خود را مدیون پیوند هیدروژنی درون مولکولی بین گروه های هیدروکسیل C2- و C3- واحدهای گلوکوپیرانوز مجاور است. مولکول شکل چنبره ای به خود می گیرد که در آن C2- و C{10}هیدروکسیل در اطراف دهانه بزرگتر و C{11}هیدروکسیل واکنش پذیرتر در اطراف دهانه کوچکتر قرار گرفته اند. آرایش C{12}هیدروکسیلها در مقابل هیدروکسیلهای پیوند هیدروژنی C2- و C{14}هیدروکسیلها پیوندهای اکسیژن را به نزدیکی داخل حفره وادار میکند و منجر به یک فضای داخلی آبگریز و غنی از الکترون میشود. اندازه این حفره آبگریز تابعی از تعداد واحدهای گلوکوپیرانوز تشکیل دهنده سیکلودکسترین است.
حلالیت سیکلودکسترین های طبیعی بسیار ضعیف است. گروه هیدروکسی پروپیل - سیکلودکسترین توسط - با وارد کردن گروه های هیدروکسی پروپیل به ساختار مولکولی سیکلودکسترین به دست می آید. از نظر ساختاری، هیدروکسی پروپیل - برخی از گروه های هیدروکسیل در مولکول های سیکلودکسترین با گروه های هیدروکسی پروپیل جایگزین می شوند. این جایگزینی بر خواص مولکول های سیکلودکسترین از جمله افزایش حلالیت آنها و تغییر برهمکنش آنها با سایر مولکول ها تأثیر می گذارد.
در فرمولاسیون های دارویی، هیدروکسی پروپیل - سیکلودکسترین معمولاً به عنوان حلال، تثبیت کننده و حامل دارو برای کمک به بهبود حلالیت و فراهمی زیستی داروها استفاده می شود.
